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              案例解析



              案例解析與旌準相關研究介紹


              案例解析:基于單細胞RNA序列分析對異檸檬酸脫氫酶突變型膠質瘤的基因譜系和腫瘤微環境的研究

               

               

              研究概述:

              傳統經典的腫瘤診斷有基于基因水平的FISH/ISH,蛋白水平的IHC、ELISA,組織水平的形態學觀察?;蚪M學的發展,讓腫瘤的診斷深入到基因組和轉錄組序列分析水平。然而,腫瘤內部存在復雜的微環境,傳統的IHC雖然觀察到腫瘤標準分子在腫瘤各細胞的分布情況,但是存在檢測靈敏度和假陽性問題。其他檢測方法都存在整體定性,而不能精細區分的局限性。

              在本研究中,作者以10個星形細胞瘤和6個少突膠質瘤為樣本,采用流式分選技術,分別獲得9800個細胞和4300個細胞進行單細胞RNA測序。作者將測序結果和癌癥基因組圖譜(TCGA)的165個全腫瘤測序數據進行比對分析,發現星形細胞瘤和少突神經膠質瘤來自同一種神經前體細胞。

              與此同時,作者發現上述兩種腫瘤中都含有星形膠質樣細胞、少突樣細胞、干細胞樣細胞。很多在全腫瘤測序中顯示出的星形細胞瘤和少突膠質細胞瘤的RNA表達差異都是腫瘤微環境產生的,如腫瘤微環境中不同的免疫細胞的數量差別。這些發現揭示了腫瘤微環境在不同腫瘤中的特異性以及重要性。

              圖四 兩種腫瘤的單細胞測序(上圖)及腫瘤微環境內細胞分類(下圖)

               



              旌準相關研究介紹:

                      腫瘤復雜的微環境給臨床用藥、臨床診斷、基礎研究等方面帶來了不少困難。旌準目前擁有兩家獨立檢驗實驗室,建立了齊全的病理平臺,如融合基因和重排基因的FISH檢測平臺,單堿基或多堿基突變的熒光定量PCR檢測(自主研發試劑盒)和測序平臺,蛋白水平的免疫組化、免疫熒光、ELISA檢測平臺。

                      同時,轉錄本是銜接基因組和蛋白的重要中間環節。轉錄組的改變也是很多疾病發生的根源。然而,常規的原位雜交技術由于需要考慮樣本降解程度、樣本來源、表達豐度等因素,mRNA的高靈敏度的可視化檢測技術一直進展緩慢。旌準與ACD公司建立戰略合作關系,在疾病的轉錄水平檢測方面開展了廣泛、深入的研究,在不同程度降解樣本、低豐度轉錄樣本、高通量篩選等研究中取得良好的進展。

              這些技術為疾病樣本的檢測、細胞/動物突變模型建立后的病理分析等提供了強大技術支持。



              參考文獻:

              A. S. Venteicher, I. Tirosh, C. Hebert, K. Yizhak, C. Neftel, M. G. Filbin, V. Hovestadt, L. E. Escalante, M. L. Shaw, C. Rodman, S. M. Gillespie, D. Dionne, C. C. Luo, H. Ravichandran, R. Mylvaganam, C. Mount, M. L. Onozato, B. V. Nahed, H. Wakimoto, W. T. Curry, A. J. Iafrate, M. N. Rivera, M. P. Frosch, T. R. Golub, P. K. Brastianos, G. Getz, A. P. Patel, M. Monje, D. P. Cahill, O. Rozenblatt-Rosen, D. N. Louis, B. E. Bernstein, A. Regev, M. L. Suva, Decoupling genetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by single-cell RNA-seq. Science 355, (2017); published online EpubMar 31 (10.1126/science.aai8478).


               


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